子宮や卵巣の正常な組織を残し、病巣部のみを除去する方法です。子宮内膜症病巣除去術は、病巣部の大きさなどによって適応するかどうか判断します。

腹部を大きく切開（8-10cm）してから、病巣部のみを除去します。

腹部に小さな穴を数ヶ所開け、お腹の中を炭酸ガスで膨らませます。一つの穴からは腹腔鏡（内視鏡の一種）を挿入し、中の様子をモニター画面に大きく映し出します。別の穴からは器具を挿入し、病巣部のみを除去します。腹腔鏡手術は回復までの時間や入院期間は短く、傷も小さく、痛みの少ない手術です。